Die Evangelische Täufergemeinde ist als Verein organisiert. Der Verein ist Eigentümerin der Alterszentrum Mattenhof AG.
Die Gemeindeleitung leitet die Kirche / Gemeinde. Die Gesamtleitung (Vereinsvorstand) verantwortet die Vereinsangelegenheiten.
Die Gemeindeversammlung wählt die Mitglieder der Gesamtleitung und der Gemeindeleitung. Zudem beschliesst sie die Jahresrechnung und das Budget der Gemeinde. Stimmberechtigt sind jeweils alle Mitglieder der ETG Bern.
Alle Aufwendungen der Gemeinde werden durch freiwillige Spenden und Erträge aus den Raumvermietungen gedeckt. Mitglieder, Besucherinnen und Besucher sind frei anonym das zu geben, was sie als angemessen betrachten.